Každý rok v zimě probíhá na Boudě sčítání netopýrů v podzemních chodbách, sálech a bojových objektech. Provádí jej ochranáři z České společnosti pro ochranu netopýrů. Zdá se, že řízená návštěvnost, zajišťovaná Společností přátel čs. opevnění, o. p. s., těmto chráněným živočichům vyhovuje a ani zimní pracovní a kontrolní akce provozovatele se neprojevují úbytkem netopýrů. Od doby, kdy je tvrz provozována jako muzeum a je v zimním období od listopadu do dubna s výjimkou několika málo dnů uzavřena, počet zimujících netopýrů výrazně vzrůstá a drží se již několik let na dosažené úrovni.

Druhové zastoupení netopýrů zimujících ve tvrzi Bouda v posledních letech ukazují přiložené tabulky. Skutečný počet na Boudě zimujících netopýrů je vyšší, neboť někdy svými těly zcela vyplní menší dutiny a tak je možné počítat jen jejich první vrstvu a navíc jsou ve tvrzi místa, kam se dostane netopýr, ne však oči ochranářů.